将学术造假认定为犯罪对研究人员公平吗？这样的认定是否有助于科研道德和科研诚信的发展？学术不端行为一定要通过诉讼处理吗？
关于以上问题，学术界的观点基本分为两派，也是就是“赞成”的和“不赞成”的。
赞成学术不端定罪化的一个主要论点是不能让科研人员凌驾于法律之上，他们的造假行为应与其他诈欺罪，如偷窃、重罪和贪污等，一视同仁。当然，责罚轻重取决于不端案件的大小，例如，ORI 就将真正的错误或无意触犯不端行为视为例外。尽管如此，故意的不端行为，涉及滥用中央基金或危害公众健康的行为，就不该轻易放过，需要法律介入。这也是包含加拿大多伦多病童医院 (Hospital for Sick Children) 全球儿童健康中心共同研究主任 Zulfiqar Bhutta 在内的部分医学临床人士的看法。Bhutta 医师表示：「如果有人诈骗纳税人的研究基金，假造数据或整个研究结果，这跟其他的经济犯罪没有什么两样。」支持这个论点的人都希望将犯罪诉讼加入责罚，为科研人员伸张正义。根据他们的看法，法律介入能打破科研人员认为触犯不端行为只要接受轻微的罚则后就能继续正常生活的心态。
不赞成的一方，则是认为起诉科研欺诈是无效和无行为能力的。天普法学院 (Temple Law School) 教授 Scott Burris 认为这个办法可能会造成“科学冷效应”(chilling effect on science)。争议点在于大部分的研究人员是诚实的，并不是核心罪犯，他们在专业上承受巨大的压力，有些人不得已而为之。一位在华盛顿负责科研人员不端案件的律师 Paul Thaler 就说，这些科研人员可能“在受罚后成为社会的积极分子，所以科学也不一定想要剔除所有有不端行为的科研人员”。Barris 进一步延伸这个论点，他认为将不端行为定罪会阻止研究人员探索有争议性或敏感的研究领域，例如基因编辑，因为这会让他们陷入被处罚的风险。
在这个议题中还有一个重要角色就是科研单位的态度，科研单位会不愿意诉诸法律行动。大部分的单位缺乏资金和资源起诉当事的科研人员。甚至，涉入法律案件会带来负面形象，这是大部分的科研单位都尽力避免的。Thaler 表示，研究相关的不端行为通常都比较复杂，和其他的案件完全不同。律师需要高度依赖他们的客户或是委托专家来了解案情还有其复杂度。Responsible Conduct of Research 秘书处执行总监 Susan Zimmerman 适当地总结了这个问题：「要证明有罪，需要投入精力和资源，而如果你没有办法找到那个高负担的证据，那个人就完了。」因此，单位通常希望借由像 ORI 这样的政府单位的协助，自己处理不端事件。许多人都支持这个看法，因为他们认为科研单位相较于律师和警察，更有能力理解并处理不端指控。
科研界有许多人相信只有最糟糕的违规人员才该被起诉。牵涉在有限反响中的造假事件的人可以有禁止申请基金或终止聘雇等惩罚。前 ORI 主任 David Wright 说道，不提供基金支持是政府单位可以做到最高层级的惩罚，这相当于“判了死刑”，还强调“入监服刑能产生什么效果值得质疑”。