影响因子最基本的作用是帮助图书馆员制定文献收藏计划和经费预算，向读者推荐优秀期刊。同时把影响因子量化也有助于编辑了解和掌握自己期刊的情况，帮助制订有效的编辑规划和目标。还可以帮助科研人员大致定位自己研究方向的热门程度。但是如果把影响因子当作评价一个研究单位或者科研人员的研究水平的唯一标准，搞一刀切，那就是有问题的。因为从计算公式看，影响因子虽然只和被引次数和论文数直接相关，但实际上它与很多因素有密切联系。

首先是学科因素。数学系的经常抱怨证明个定理发个文章好几年没人引用，工程系的抱怨找一个2以上影响因子的期刊都难，物理系的说化学系灌水都可以灌高影响因子的，生物系的说没发过CNS都混不下去了。不同学科之间的差异本来就是挺明显的，这种差异跟学科的重要性没有关系，但是跟从事这个学科的人数是有直接关系的。