多数期刊鼓励在线投稿，这通常需要在目标期刊注册一个投稿帐户。这是一个分步过程，通常要求输入全名、单位地址、最高学位和所有作者的详细联系信息(不仅是通讯作者)。注册之后，投稿作者把所有相关文件（包括正文、投稿信、插图文件和补充材料）上传到期刊的网上投稿系统。
一些期刊规定以邮递方式投稿，要求提交规定数量的论文打印件和含所有文件的光盘。通常每个作者都要签署声明表示同意向杂志投稿并在论文上署名，不过有些杂志现在也通过电子邮件进行确认。投稿过程中可能需要交纳投稿费，但是大多数情况下出版费都是论文被录用之后才会征收。任何从已发表的文献中转载插图或其他内容都要获得许可，有时在投稿时杂志社就会要求你提交此类许可证明。若论文被录用，论文的版权就要转让给出版商；有时，在投稿时就要填写一份版权转让表。
 
投稿过程有时允许你推荐或排除潜在的论文审稿人。如果没有这个过程，你也可以在投稿信中推荐或排除。期刊编辑会尽力任命独立专家为审稿人，但也知道许多领域的实验室之间存在激烈竞争。他们很清楚：你尚未公开发表的数据具有敏感性，把它交给直接竞争对手有可能不合适。所以，他们愿意知道谁可能是“友好的”审稿人，谁可能不那么友好。编辑们几乎肯定不会只任命你推荐的审稿人或排除所有你请求排除的人。他们会用你提供的信息来客观地决定谁应该和不应该审读你的稿件。
在选择哪些专家可列入“推荐审稿人”时，你应该考虑那些你论文所赞成的研究或观点的作者；比如，若你的工作基于之前发表的一篇文献并发展或确认了其结果，则该文献的资深作者就是好的候选人。你的参考文献可以帮你找出这些候选人，仔细阅读他们的论文就能知道他们的观点是否与你相符或相反。在理想状态下，你的研究发现能支持你所推荐的本领域资深研究者所提出的观点。相同领域内的国际合作者也可成为“友好的”审稿人，不过如果你们之前共同发表过论文可能会被编辑以偏向性理由排除。
确定谁应该被排除出审稿人行列要更为困难。但是，如果你知道有另一实验室在做同样的工作(也许你在最近召开的一次会议上听过该实验室成员做的报告或张贴的壁报)，就可以请编辑把该实验室的主要研究者排除出审稿人行列。此外，也要请编辑把观点或假设与你相反的研究者排除在外。
当然，期刊会要求任何审稿人完全客观地评议你的稿件。而且，编辑也会在一定程度上评估你的稿件来判断审稿人的意见是否公正。如果收到的审稿意见完全相互矛盾(如一个非常正面，另一非常负面)，编辑可能会再找一个审稿人来评议直至对审稿意见满意，这会推迟你投稿的决定意见。归根结底，只要研究的设计和实施都没有问题，结果有新颖和有趣之处，行文清楚简洁并符合《稿约》，你的论文就有最大的机会能逾越这些障碍并最终被录用。