撰写自然科学论文是科研工作者总结科研实践、分享科研成果、提升学术水平的重要举措，而同行审稿（Peer review）是保证论文质量和学术水平的重要环节之一。我自20世纪90年代开始陆续受邀为全球数十家期刊（EI、SCI期刊为主）担任论文审稿。在所有同行评议实践中，我始终感觉学术论文审稿是最难、最耗时间、最需要认真负责的专业化工作，因为一旦发表了错误内容的论文可能会误导科研工作者开展无用甚至危险的科研实践，也深知审稿的酸甜苦辣。我退休在即，尽管工作任务减轻，但近年来，由于投稿量暴增，同行评审的刊物也指数级增长（特别是Open Access Journals），因此国内外审稿邀请量增幅较大，审稿已成为我日常生活中的重要活动之一，也只得重点选择与我研究领域直接相关的学术论文评审。通过中英文论文审稿，我见证了中国科技论文的繁荣，但也发现不同期刊的论文学术水平有升有降，质量参差不齐，甚至发现个别明目张胆的论文抄袭。因此为客观公正地审阅学术论文，提出中肯可修改的审稿意见，就我多年所经历的审稿过程和实践，摸索并固化自然科学论文的初阅、细审、综评的三段式审稿过程，现在归纳出来，期许对初入审稿队伍的年轻科研工作者有些许参考作用。
（1）初阅阶段
接到审稿邀请邮件，首先可从邮件中给的标题和可能提供的摘要，判断是否能审稿，如果发现研究内容不熟悉（Article is out of expertise）或近期时间安排紧张（Unavailability of time），则应及时回复退审（Decline to reviewing the manuscript），且如果可能，推荐提供相关审稿人。如果是我能审的论文，则接受审稿，并下载论文稿及相关附件，开始初阅工作。通过快速浏览论文，重点关注论文要点（Highlights）以及论文的标题、摘要、关键词、结论等，同时浏览论文中的图、表、参考文献和引言部分，及时将每一疑问内容批注出来，在感受语言流畅性的同时，重点要了解论文的结构并尽可能发现问题，初步判断论文的创新性。
如果送审的是复审论文稿（估计是不同审稿人存在争议的稿件，我还收到过审稿人和学术编辑有不同评价的复审稿件）或再审稿，也要通过初阅、细审、综评等三步进行审稿。首先，要查看审稿人对原始稿件的评审意见以及检查核对作者的修改情况，了解修改说明的态度是否端正，以及修改内容是否确切，或者是否对未能修改的内容给出合理的解释，这时也要及时批注出未修改或修改不合适的内容，并按前述方法快速初阅全文并批注发现的疑问。虽然作者对评审意见都进行了认真修改，但我又发现还有其他一些问题时，我往往会要求小修或大修来提出审稿意见，甚至对问题比较严重的稿件，会结合前面审稿人的评审意见给予直接拒稿。当然这要等后续的细审阶段与综评阶段来做最终的决定。
通过初阅阶段，可能发现是否有潜在的利益冲突（Do you have any potential conflict of interest with regards to this paper?）、是否有抄袭问题（Did you detect plagiarism?）、是否有宗教、意识形态或保密等问题（Do you have any other ethical concerns about this study?），有些刊物还会关注论文自引是否恰当（Did you detect inappropriate self-citations by authors?）。对这些问题，初阅有疑问的，先批注，待细审时确认。
（2）细审阶段
进入细审阶段，需要通读全文，分节逐段、甚至逐句阅读论文，发现问题及时批注，必要时进一步查询相关参考文献，对比参考文献与所审论文的关联性和有无冲突或抄袭重复。
我一般很少直接“枪毙”一篇论文，除非既无创新点又粗制滥作（当然一旦发现抄袭肯定是直接“枪毙”）。因为对于任何一篇学术论文，只要开展了研究并负责任地撰写，总会有闪光点，达不到所投高层次刊物的要求，作为审稿人也可以提出问题所在及其修改建议要求，哪怕拒稿，也要让作者有提高科研水平、少走弯路的机会，论文修改后还可以投到其他合适的刊物。所以细审阶段就要格外认真仔细，批注出发现的任何疑问或问题。我在细审过程中，还经常“瞻前顾后”检查论文的逻辑关系，包括发现一些变量重名或变量重复使用问题等。图和表存在的问题比较容易发现，也是读者会重点关注的内容，是必须要格外认真核查的。而对于一些大段统计数据交叉验证分析的重复表述，可读性较差，会让人越看越烦躁，我会建议作者尽量用图、表表示。
随着细审的深入，通常心里的疑问和疑虑会逐步积累，初阅时的第一印象将可能改变，大修甚至拒稿的可能性在提高。完成全文细审后，会基本形成对稿件的处理决定。如果拒稿（Reject），即可决定并在论文标题上做出批注。至于大修（Major revision）或小修（Minor revision），还要等综评阶段，重新梳理所有问题后，逐步得出最后决定。
（3）综评阶段
由于审稿人无法与作者当面沟通，因此要尽可能选择心态比较平静的时候开始综评阶段，因为心情会影响正确的评价。开始综评时，先阅看前两阶段的批注内容，再次快速浏览全文，可能会再次发现问题并进一步把握论文的语言流畅性表达以及论文的总体质量。然后开始撰写给编辑部的总体评价（Comments for editor），要概括论文的主要研究内容和主要贡献，并做出恰当的评价和论文总体处理建议。接下来按照批注内容，开始准确分析每一批注问题现象，并撰写给作者的修改建议（Comments and Suggestions for authors），建议内容不能太笼统，而应尽可能有理有据、具体并可修改。论文中发现的同类问题，要综合并入前面相应的建议条款。再回过头来修改Comments for editor，并不断修改完善Comments and Suggestions for authors，拟出准确的评分结果，有些刊物还包括英语质量的评价（Comments on the Quality of English Language）。最终审稿人需要对论文给出明确的处理结果，不能模棱两可（我担任某刊物论文学术编辑时曾注意过，有审稿人给出不合适发表的评价，同时给出大修的建议），处理结果包括直接接受（Accept in present form）、小修（Accept after minor revision：corrections to minor methodological errors and text editing)、大修（Reconsider after major revision：control missing in some experiments)、拒稿（Reject：article has serious flaws, additional experiments needed, research not conducted correctly)。实际上，我评审的首次投稿件从来没有给过直接接受（Accept in present form），只有再审稿时才有可能Accept in present form。如果审稿时，对于首次投稿件能达到Accept in present form水平，我可能会怀疑是否存在抄袭现象，会更加仔细地查找参考资料，确认是否存在抄袭问题。最后根据不同刊物的编辑系统要求，完成综评并上传审稿意见。
随着生成式人工智能和大语言模型的发展，作为审稿人，还需要关注AI辅助稿件和AI辅助审稿的发展趋势。目前对于AI辅助审稿是普遍不允许的，因为牵涉到稿件的保密性要求。对于AI辅助稿件是否属于“抄袭”或是否有“版权”等问题，不同刊物会有不同的规定。
