在描述基因、基因mRNAs或由其编码的蛋白质水平的变化时，经常会因错误使用命名规则而引发混淆。如果作者一会儿提及基因表达水平，一会儿转至蛋白质水平，再过一会又回到基因，这只会乱上加乱，尤其是当基因和蛋白质同名时。因此，作者应确切地告知读者你提及的到底是基因还是蛋白质。不同物种有不同的命名规则，但一般来说，基因名称应写成斜体，蛋白质则采用正体。大小写常用于区分不同物种：一般地，对于小鼠、大鼠和鸡，基因名称首字大写，其余小写；对于人、灵长类和某些家禽/家畜，基因名称均使用大写字母。在描述mRNA时一般使用基因名称(如，“levels of p53 mRNA”)，也可用“for”来加以连接(如，“levels of the mRNA for p53”)。“表达”(expression)一词通常用于描述基因表达，如果用于描述蛋白质和mRNA水平，就会引发混乱；因此，在提及蛋白质时，建议不用“表达”一词，而是直接改用“level”(或“levels”)。应高度注意所提及物种的适用命名规则；在文章中只要提及蛋白质、基因或mRNA的名称，应确保其是明白无误的。